a. Variatie in planten en dieren
Vanuit de natuuroptiek is het bos rijker naarmate er meer verschillende dieren en planten in voorkomen. Je zou kunnen zeggen: hoe langer de lijst van soorten, Het gaat om karakteristieke soorten, planten- en diersoorten die horen bij de groeiplaats. hoe waardevoller het bos. We spreken dan van een hoge biodiversiteit. Het gaat niet alleen om het aantal soorten, het gaat om de kwaliteit van het ecosysteem als geheel, de soorten met hun onderlinge relaties en de wisselwerking met de abiotische factoren zoals bodem, water en klimaat en dergelijke Aan zeldzame soorten wordt vanzelfsprekend nog meer waarde gehecht. Soorten als de schuwe boommarter, het zeldzame vliegend hert (een grote kever) en bosplanten als dalkruid en salomonszegel maken de soortenlijst van een bos op de zandgronden interessanter. Bij de fauna zijn het de vele insectensoorten die de lijst flink vullen. Bij de flora van het bos dragen vooral de vele soorten mossen en korstmossen bij aan de soortenrijkdom. Een hoge biodiversiteit betekent ook veel interacties tussen de soorten. Zo leven bijvoorbeeld op dood hout van sparren bepaalde paddenstoelen, die onmisbaar voedsel vormen voor specifieke kever-soorten, die op hun beurt prooidier zijn voor vogels of zoogdieren.
b. Inschatten natuurkwaliteit
Om snel een indruk te krijgen van de natuurkwaliteit van een bos of bosperceel is het handig om naar drie aspecten te kijken: de boom- en struiksoorten, de bosstructuur en het dode hout.
Voldoende variatie in bosstructuur? Maak vier denkbeeldige foto’s Voor de samenstelling van de boom- en struiklaag geldt: hoe meer gemengd, hoe beter en, als van de bomen en struiken een flink aandeel inheems is, is ook dat in ecologische zin gunstig. Daarnaast is er de variatie in bosstructuur, de ruimtelijke opbouw van het bos. Zijn er dichte en meer open delen? Dikke en dunne bomen met hun levende takken op verschillende hoogtes? Delen met een onderlaag van struiken of jonge bomen en delen waar het opener is onder het kronendak? Een handige manier om snel een beeld te krijgen van de variatie in de bosstructuur is op een willekeurige plek vier (denkbeeldige) foto’s te maken in verschillende richtingen. Als dat vier verschillende beelden oplevert, dan zit het wel goed met de ruimtelijke variatie.
Ten slotte is er het dode hout. Staand dood hout is deels voedingsbron voor andere organismen dan rottend liggend dood hout. Als er van beide voldoende is levert dat een forse bijdrage aan de ecologische waarde: meer dan veertig procent Onderzoek in oude bossen met een gevarieerde samenstelling levert deze kennis; insectensoorten vormen natuurlijk een groot deel van de lijst. van alle soorten bosdieren is afhankelijk van dood hout!
c. Gemengd, structuurrijk bos
Een bosbeheerder heeft de ecologische rijkdom deels in de hand door geschikte leefruimte voor bepaalde planten en dieren te creëren, dan wel te laten ontstaan en in stand te houden. Het creëren van dergelijke biotopen is vaak voldoende: vroeg of laat vestigen de betreffende dier- en plantensoorten zich meestal vanzelf. Een bos van verschillende boom- en struiksoorten met een gevarieerde ruimtelijke structuur (afwisseling van hoog en laag / dicht en open) en een behoorlijke hoeveelheid dood hout levert vrijwel zeker een rijkere flora en fauna op.
Naarmate een bos ouder wordt neemt de variatie in biotopen in veel gevallen vanzelf toe. In oude bomen, zeker loofbomen, ontstaan in de loop der tijd vaak holtes op plekken van afgebroken takken en dergelijke. Die holtes worden gebruikt door allerlei soorten dieren, van boommarters en vleermuizen tot vogels en bijen. Sommige soorten korstmossen hebben een lange tijd nodig om zich te vestigen en ontwikkelen, en dat lukt alleen maar op oude bomen. Oud bos is daardoor meestal ecologisch rijker dan jong bos (tenzij het oude bos over een groot oppervlak heel dichte stand van bomen heeft en daardoor weinig variatie in structuur). Daarnaast vormen open plekken in bossen en geleidelijke overgangen van bosranden met struwelen rijke biotopen.
Van de drie componenten die de natuurkwaliteit van een bos vooral bepalen – de boom- en struiksoorten, de bosstructuur en het dode hout – kan een beheerder er twee relatief snel realiseren: variatie in bosstructuur Aanvankelijk meenden men dat ‘niets doen’ de beste optie was om de natuurwaarde van bossen te versterken. Veel beheerders zijn daar inmiddels van terug gekomen en werken gericht aan meer variatie bijvoorbeeld door gevarieerd te dunnen en open plekken te maken. en het dode hout.
Een hoge biodiversiteit gaat samen met waardevol houtHet bos hier en daar wat open kappen en andere delen juist dicht laten levert al snel variatie in bosstructuur op. Ook het ringen of het omtrekken van bomen en het in het bos laten staan/laten liggen van bomen die vanzelf zijn dood gegaan, heeft binnen een paar jaar effect op de biodiversiteit. Het veranderen van de boom- en struiksoorten is minder makkelijk en vraagt om een lange weg: bepaalde boomsoorten wegnemen kan wel snel, maar het duurt weer lang voordat het bos met de meer gewenste boomsoorten ‘volwassen’ is. In die zin is bos traag.
Dat ingrijpen in het bos ten behoeve van de biodiversiteit laat zich goed combineren met de teelt van waardevol hout, we spreken dan van geïntegreerd bosbeheer, waarbij natuurwaarde en houtproductie samen gaan. Het doel is dan een ecologisch rijk bos te maken en er zo nu en dan waardevolle stammen uit te oogsten. Er valt natuurlijk ook voor te kiezen om wel te werken aan een hoge biodiversiteit, en het hout van de te vellen bomen niet te oogsten, maar te laten liggen. Dat is bijvoorbeeld een tijd lang in het Amsterdamse bos gedaan: sturen in de bossamenstelling en structuur door bomen te vellen en in het bos te laten liggen.
d. Exoten
In de loop der eeuwen zijn er veel boomsoorten naar West-Europa gehaald, deels voor verfraaiing van tuinen en parken, maar ook soorten voor de hout-productie. Voor onze 
bossen is vooral gezocht naar soorten die op de arme zandgronden zoals de Veluwe en de Kempen meer produceren dan de grove den en de langzaam groeiende eik. Voor ons Atlantisch klimaat is o.a. de westkust van Noord-Amerika een interessante bron. De douglasspar komt daar vandaan en bleek een topper voor de niet al te arme zandgronden. Ook de Japanse lariks groeit hier goed en levert waardevol hout. Met een paar geïmporteerde soorten zijn bosbeheerders minder blij, zoals de Amerikaanse vogelkers en de Amerikaanse eik, ze kunnen woekeren De last die de bosbeheerder heeft van exoten verschilt soms per regio. In Noord Brabant zijn bosgebieden waar de Amerikaanse eik een bijna niet meer te stuiten dominantie heeft. Op de Veluwe geven deze bomen veel minder problemen: daar houden o.a. de edelherten de soort in toom. en zijn lastig terug te dringen. Loofbomen lopen na afzagen weer uit vanuit de stobbe, naaldbomen lopen niet meer uit.
Over het algemeen geldt: inlandse soorten leveren een grotere bijdrage aan de de biodiversiteit dan geïmporteerde soorten. Zo zijn de inlandse eiken voedselbron voor honderden insectensoorten (en zij op hun beurt voor vogels) en leven er op de Amerikaanse eiken hier maar een handje vol. zie Wageningenschuur.nlUit ecologisch oogpunt zijn er feitelijk twee bezwaren tegen de exoten. Allereerst: waar exoten staan is geen ruimte voor inheemse bos (en daar is al zo weinig van in Nederland en Vlaanderen) Daarnaast breiden sommige soorten zich nogal makkelijk uit. De douglas en de snelgroeiende lariks geven soms massaal natuurlijke verjonging en overgroeien dan veelal de inheemse soorten. In bossen waar natuur een belangrijke functie is worden de exoten vaak verwijderd.